Lugdunum, devenue cosmopolite accueille de plus en plus de religions. Les Gaulois continuent a adorer certains de leurs dieux tout en acceptant les divinites romaines et le culte de l'empereur qui leur sont imposes ; les Orientaux amenent leurs propres cultes, principalement celui de Cybele et enfin le Christianisme venu egalement d'Orient et qui prend de l'extension. Ces divergences aboutiront au martyr et au massacre systematique des Chretiens, organises par les adorateurs de Cybele et soutenus par Marc Aurele. C'est en 177 que les premieres mesures sont prises contre les Chretiens qui ne peuvent plus frequenter les endroits publics.
Ensuite arrestations et sommations d'abjurer leur foi deviennent monnaie courante. En cas de refus, les Chretiens subissent proces, tortures et emprisonnement. Les quelques survivants de ces pratiques sont jetes aux betes dans les arenes, leurs corps sont exposes et ensuite brûles Malgre tout, les Chretiens ne sont pas exterminees et se releveront pour finir par s'imposer.
Lyon deviendra un important fief archiepiscopal et de nombreux edifices religieux sont batis.
En 1643, lors de la grande peste, les femmes lyonnaises prient la Vierge Marie de les epargner. Le miracle eut lieu et une eglise est construite en remerciement sur le sommet de la colline de Fourviere. Deux siecles plus tard, en 1872, une basilique neo-byzantine remplacera l'eglise, cette fois parce que les troupes prussiennes ont epargne la ville.
Depuis cette epoque, chaque 8 decembre les Lyonnais allument des petits lampions a leur fenetre commemorant l'inauguration de la statue de la Vierge de Fourviere.