L'ensemble du site de Machu Picchu se divise en plusieurs quartiers bien definis autour d'une esplanade qui servit a la vie publique.
On compte plus ou moins deux cents habitations et la plupart d'entre elles ne disposaient que d'une seule piece.
Tous les batiments etaient construits d'apres le style architectonique inca classique. Les murs en sillas (pierre volcanique) taillees et rejointoyees sont legerement evases de sorte que la base de la maison est plus large que le haut. Toutes les embrasures des portes et des fenetres etaient de forme trapezoidale. Les toits, aujourd'hui disparus etaient probablement faits de troncs d'arbres recouverts de paille.
On distingue deux sorte d'habitations, celles des notables dont les pierres des murs sont si parfaitement taillees qu'aucun interstice n'est visible entre elles et celles des artisans et paysans dont les pierres sont plus grossierement taillees et rejointoyees entre elles avec de l'adobe.
L'ensemble du site a du etre soigneusement etudie avant sa construction. En effet il epouse parfaitement la forme des montagnes et rien ne semble avoir ete laisse au hasard.
Ainsi le systeme hydraulique alimentant la ville est ingenieux. Les Incas se sont servis d'une source situee sur une colline au Nord de Machu Picchu. Ils ont construit un collecteur d'eau sur le versant de la montagne et un mur de plus de 15 metres de long pour augmenter le volume de cette source. Ils construisirent ensuite un canal pour amener l'eau dans les 16 sources percees dans ce qui fut appele l'escalier des sources de la ville.
De nombreux etangs et sources d'eau appeles pacchas ont ete tailles a meme la pierre dans les rues.
Le quartier agricole de Machu Picchu se caracterise par ses terrasses creuses dans la roche qui ont permis de cultiver la terre dans les meilleures conditions possibles compte tenu de la localisation de la cite.
Tout porte a croire que Machu Picchu fut donc un important centre politique et religieux ainsi que la residence de l'Inca. Les chemins qui menaient a la forteresse etaient probablement interdits meme au peuple inca et il n'existait a l'epoque qu'une seule porte pour acceder a l'interieur de Machu Picchu.